Vị trí tốt cho việc nuôi lồng cá biển:

- Độ sâu phải bảo đảm đáy lồng cách đáy biển ít nhất 2-3m.

- Tránh nơi sóng to, gió lớn như sóng cao trên 2m và tốc độ dòng chảy 1m/giây vì có thể làm hư hỏng lồng, trôi thức ăn, làm cho cá hoạt động yếu gây chậm lớn và sinh bệnh.

- Cần tránh những nơi nước chảy quá yếu hay nước đứng mà có thể  dẫn đến cá chết do thiếu oxy, thức ăn thừa, mùn bã cũng tích lũy ở đáy lồng gây ô nhiễm.

- Tốc độ chảy thích hợp từ 0,2-0,6m/giây.

- Đảm bảo hàm lượng oxy từ 4-6mg/lít, nhiệt độ 25-30 độ C, độ mặn từ 27-33 %o.

- Cần tránh xa những nơi gây ô nhiễm dầu, ô nhiễm chất thải công nghiệp, nước thải sinh hoạt và tàu bè. Nơi có thể xảy ra hồng triều.

Trở ngại trong nuôi lồng cá biển:

Trong nuôi lồng cá biển, dù có nhiều ưu điểm, song, vẫn còn trở ngại trước mắt sau: 

Bẩn lồng: Lồng nuôi cá bị dơ bẩn nặng trong quá trình nuôi là vấn đề khó có thể tránh khỏi, đặc biệt là ở các vùng nhiệt đới. Chua and Tend (1980) đã ghi nhận lại rằng, do sự gây dơ bẩn nhanh chóng của các sinh vật như hào, giun, rong, tảo ... mà làm lồng có mắc lưới 37 mm ở eo biển Penang bị giảm lưu thông nước đến 60% sau 2 tuần ngâm trong nước và đến 87% sau 1 tháng. Lồng có mắc lưới 12,7 mm lưu thông nước giảm 93% sau 3 tuần hoạt động. 

Nguồn giống: Hiện tại, nguồn giống cung cấp cho nghề nuôi cá lồng vẫn còn dựa chủ yếu vào khai thác tự nhiên. Tuy nhiên, sản lượng khai thác không thể đáp ứng được nhu cầu con giống để mở rộng sản xuất hơn. Hơn nữa do tỷ lệ con đực (cá mú) trong quần thể tự nhiên ít hơn 5%, việc thu gom cá đực cho nghiên cứu và sản xuất giống cũng bị hạn chế. 

Thức ăn: Do việc nuôi cá lồng bị phụ thuộc vào nguồn thức ăn là cá tạp, khả năng cung cấp sẽ bị động và vì thế cho ăn không đều. Thức ăn là cá tạp không đảm bảo đầy đủ dinh dưỡng cho cá nuôi, và cá tạp thối bẩn cũng dễ gây ra bệnh cho cá.   

Chất lượng nước thay đổi: Việc nuôi cá lồng còn bị ảnh hưởng mạnh bởi sự thay đổi dòng chảy sóng gió, và các yếu tố khác như độ mặn, pH, độc tố do nhiễm bẩn, tảo nở hoa... Vì thế, trước khi nuôi, cần xem xét và chọn vị trí thích hợp. 

Địch hại: Nhiều quan sát cho thấy rằng nuôi cá trong lồng có nhiều địch hại như rắn biển mực, cá dữ phá lồng hay vào lồng gây hại cho cá nuôi, chim cũng là địch hại nguy hiểm cho cá khi lồng không được bảo quản kỹ. 

Bệnh cá: Cá biển nuôi lồng thường mắc một số bệnh ký sinh và vi khuẩn.

Các vấn đề cần lưu ý để đảm bảo sức khỏe cho cá trong nuôi lồng:

- Chọn giống loài nuôi ít mẫn cảm với bệnh tật

- Chọn vị trí cẩn thận

- Cá giống khoẻ mạnh và kích cỡ hợp lý

- Thường xuyên theo dõi, chăm sóc cá nuôi để chuẩn đoán tình trạng sức khoẻ cá

- Mật độ nuôi vừa phải  

- Không cho cá ăn quá thừa cũng như quá thiếu

- Thức ăn phải tươi, không có mầm bệnh  

- Loại bỏ cá chết ra khỏi lồng và hủy cá

- Ngăn ngừa địch hại

- Vệ sinh dụng cụ thường xuyên

- Thao tác nhẹ nhàng khi đánh bắt cá

Nguồn: ĐH Cần Thơ